Fue fundada el 15 de marzo de 1889 y hoy es una de las localidades más importantes del interior de la provincia, ubicada a 87 kilómetros de la Capital santiagueña y a 90 de San Miguel de Tucumán.
El trazado de Pozo Hondo se remonta a los estudios realizados por el ingeniero Mounier en 1874. El pueblo se denominaba en aquel entonces Gaspar Juárez y pertenecía a los latifundios de los jesuitas. En el año 1767, estos fueron expulsados, entre ellos Gaspar Juárez, por pertenecer —supuestamente— a la Logia Lautaro.
Gaspar Juárez nació el 11 de junio de 1731, era un misionero jesuita, naturista, filósofo, teólogo y también profesor de Derecho. Posteriormente se radicó en Italia, donde escribió los libros “Historia Natural, Civil y Eclesiástica del Río de la Plata”, “Disertaciones sobre Derecho Natural y de Gente”, y formó el Jardín Botánico de Plantas Americanas denominadas Orto Índico. El misionero falleció en Roma en 1804. La población se denominó Gaspar Juárez en honor al mencionado jesuita, y luego cambió por el nombre de Pozo Hondo.
El 12 de agosto de 1927, la Cámara de Diputados de la Provincia sanciona con fuerza de Ley Nº 1015 el siguiente artículo: 1. Declárase de utilidad pública y sujeta a expropiación 100 hectáreas de terreno de “La Estación Pozo Hondo” del Ferrocarril Central Norte Argentino para la denominación de un pueblo que se denominará Gaspar Juárez. Esta población pasó lentamente a denominarse Pozo Hondo por costumbrismo de los lugareños, que al llegar a la Estación Pozo Hondo la confundían con el de la denominación poblacional, y con el devenir del tiempo se impuso el mencionado y actual nombre.
El actual intendente, profesor Jorge E. Bustos, dirigió el siguiente saludo: “Desde aquel 15 de marzo de 1889 han pasado por este pueblo innumerables historias, personas y personajes, que han enriquecido tanto su historia y sus costumbres como su cultura. Año a año, desde aquel lejano 1889, nos encontramos con noticias de uno o varios pozohondeños que se han destacado en algo o han logrado una nueva meta o un nuevo objetivo. El siempre mencionado orgullo pozohondeño.