Francisco de Aguirre, nombrado como mandatario de Barco (ciudad levantada cerca a lo que hoy es San Miguel de Tucumán) por Pedro de Valdivia desde Chile, y al mando de 70 hombres, el 20 de mayo de 1553 expulsó a los hombres de Nuñez del Prado y anunció su autoridad sobre la ciudad.
Aguirre trasladó la ciudad un 25 de julio de 1553 y la rebautizó con el nombre de Santiago del Estero del Nuevo Maestrazgo. Le colocó Santiago, porque el día 25 de julio es la festividad de Santiago Apóstol, el gran Patrón de las Españas; y “del Estero”, por los esteros o lagunas que formaba allí el río tras sus inundaciones. La ceremonia de clavar el rollo de la justicia fue en este caso sin sacerdotes ya que Aguirre los había deportado y hasta 1556 no vinieron otros. Sostuvo también que el traslado fue para sustraerla de las continuas crecientes del río Dulce y para una mayor seguridad debido a las amenazas de los lules.
Actualmente Santiago del Estero es la ciudad más antigua del territorio nacional argentino que aún se mantiene en pie. La falta de documentos impide conocer con exactitud el número de los primeros pobladores, que se calcula que puede haber oscilado entre noventa y cien. Nunca se encontró acta alguna de ese traslado o mudanza de lugar o fundación, ni datos referidos o que den cuenta acerca de cómo habría sido la traza urbana y morfología.
Francisco de Aguirre designó como Justicia Mayor a su sobrino, el capitán Nicolás de Aguirre. Cuando este murió, designó a otro sobrino, Rodrigo de Aguirre, que lo habían acompañado desde Chile.
